Поводом для Ленинградского дела послужило проведение в Ленинграде с 10 по 20 января 1949 года Всероссийской оптовой ярмарки без ведома и в обход ЦК и правительства. Однако, ранее Бюро Совета министров СССР под председательством Г. М. Маленкова приняло постановление «О мероприятиях по улучшению торговли». В постановлении было сказано: «организовать в ноябре-декабре 1948 года межобластные оптовые ярмарки, на которых произвести распродажу излишних товаров, разрешить свободный вывоз из одной области в другую купленных на ярмарке промышленных товаров».

Более того, ленинградцев обвинили в подтасовках в ходе выборов нового руководства на конференции в декабре 1948 года.

15 февраля 1949 года было принято постановление Политбюро ЦК ВКП(б) «Об антипартийных действиях члена ЦК ВКП(б) т. Кузнецова А. А. и кандидатов в члены ЦК ВКП(б) тт. Родионова М. И. и Попкова П. С.». Все трое были сняты с занимаемых постов.

Поводом для обвинения Н. А. Вознесенского послужила докладная записка о занижении Госпланом СССР плана промышленного производства СССР на первый квартал 1949 года.

22 февраля 1949 года состоялся объединённый пленум Ленинградского обкома и горкома партии. П. С. Попков и Я. Ф. Капустин признали, что их деятельность носила антипартийный характер, после чего и другие выступающие стали признавать несовершенные ими действия. В постановлении объединённого пленума обкома и горкома А. А. Кузнецов, М. И. Родионов, П. С. Попков, Я. Ф. Капустин обвинялись в принадлежности к антипартийной группе.

Летом 1949 года начался новый этап в разработке так называемого «Ленинградского дела». А. А. Кузнецова, М. И. Родионова и руководителей Ленинградской областной организации ВКП(б) обвинили в контрреволюционной деятельности. Было дано указание об арестах, которые начались с июля 1949 года.

Арестованных подвергали допросам и пыткам. Всем осуждённым было предъявлено обвинение в том, что, создав антипартийную группу, они проводили вредительско-подрывную работу, направленную на отрыв и противопоставление ленинградской партийной организации Центральному Комитету партии, превращение её в опору для борьбы с партией и ЦК ВКП(б). Вопрос о физическом уничтожении был предрешён задолго до процесса, состоявшегося 29—30 сентября 1950 г. в Ленинграде в Доме офицеров на Литейном проспекте. Именно ради «ленинградцев» в СССР вновь вводится смертная казнь.

1 октября 1950 года в 2:00, спустя час после оглашения приговора, Н. А. Вознесенский, А. А. Кузнецов, М. И. Родионов, П. С. Попков, Я. Ф. Капустин, П. Г. Лазутин были расстреляны. Прах их тайно захоронили на Левашовской пустоши под Ленинградом. И. М. Турко, Т. В. Закржевскую и Ф. Е. Михеева осудили на длительное тюремное заключение.

«Всего было осуждено 214 человек, из них 69 человек основных обвиняемых и 145 человек из числа близких и дальних родственников. Кроме того, 2 человека умерли в тюрьме до суда. 23 человека осуждены военной коллегией к высшей мере наказания (расстрелу)» (из докладной записки министра внутренних дел CCCР Н.Круглова и его заместителя А.Серова)

Ленинград пережил немало трагических событий. Но «Ленинградское дело» поражает масштабом и бессмысленностью уничтожения людей. И это в послевоенные годы, когда подвиг Ленинграда, мужество и героизм его жителей, перенесших блокаду, были предметом особой гордости.

Несмотря на целый ряд исследований по «Ленинградскому делу», остается еще много «белых пятен» в истории этого политического процесса. Нет однозначного ответа на вопрос о причинах возникновения «Ленинградского дела», о мотивах, побудивших И. В. Сталина обратить механизм репрессий против людей, которые совсем недавно доказали свою преданность Родине и внесли существенный вклад в дело обороны Ленинграда в период блокады 1941-1944 гг. и послевоенного восстановления. «Ленинградское дело» было прелюдией готовившейся Сталиным новой «большой чистки» в партии и стране. Вслед за ним последовали «сионистское», «мингрельское» дела, дискуссии в различных областях науки (языкознании, биологии, политэкономии и др.), а затем и «дело врачей».